File tandem2csv.xsl of Package xtandem

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<!-- 
    Transforms X!Tandem output file into CSV format
-->
<xsl:transform xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.0">

    <xsl:output method="text" encoding="UTF-8" media-type="text/csv"/>

    <xsl:template match="/bioml">
        <xsl:text>Protein</xsl:text>
        <xsl:text>,Peptide</xsl:text>
        <xsl:text>,Modifications</xsl:text>
        <xsl:text>,Start</xsl:text>
        <xsl:text>,End</xsl:text>
        <xsl:text>,mh</xsl:text>
        <xsl:text>,Charge</xsl:text>
        <xsl:text>,Delta</xsl:text>
        <xsl:text>,SumIntensity</xsl:text>
        <xsl:text>,Spectrum#</xsl:text>
        <xsl:text>,ProteinExpect</xsl:text>
        <xsl:text>,PeptideExpect</xsl:text>
        <xsl:value-of select="'&#10;'"/>
        <xsl:apply-templates/>
    </xsl:template>

    <xsl:template match="/bioml/group[@type = 'model']/protein">

        <!-- Protein -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="note[@label = 'description']"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Peptide -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@seq"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Modifications -->
        <xsl:variable name="mods">
            <xsl:call-template name="getmods">
                <xsl:with-param name="domain" select="peptide/domain"/>
            </xsl:call-template>
        </xsl:variable>
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="$mods"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Start -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@start"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- End -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@end"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- mh -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@mh"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Charge -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="../@z"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Delta -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@delta"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- SumIntensity -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="@sumI"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- Spectrum# -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="substring-before(@id, '.')"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- ProteinExpect -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="@expect"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="','"/>

        <!-- PeptideExpect -->
        <xsl:call-template name="enquote">
            <xsl:with-param name="s" select="peptide/domain/@expect"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="'&#10;'"/>

    </xsl:template>

    <xsl:template name="getmods">
        <xsl:param name="domain" select="."/>
        <xsl:for-each select="$domain/aa">
            <xsl:if test="position() &gt; 1">,</xsl:if>
            <xsl:value-of select="concat(@modified, '(', @type, ')@', @at)"/>
        </xsl:for-each>
    </xsl:template>

    <xsl:template name="enquote">
        <xsl:param name="s" select="."/>
        <xsl:value-of select="'&quot;'"/>
        <xsl:call-template name="escape">
            <xsl:with-param name="s" select="$s"/>
        </xsl:call-template>
        <xsl:value-of select="'&quot;'"/>
    </xsl:template>

    <xsl:template name="escape">
        <xsl:param name="s" select="."/>
        <xsl:choose>
            <xsl:when test="contains($s, '&quot;')">
                <xsl:call-template name="escape">
                    <xsl:with-param name="s" select="substring-before($s, '&quot;')"/>
                </xsl:call-template>
                <xsl:value-of select="'&quot;&quot;'"/>
                <xsl:call-template name="escape">
                    <xsl:with-param name="s" select="substring-after($s, '&quot;')"/>
                </xsl:call-template>
            </xsl:when>
            <xsl:otherwise>
                <xsl:value-of select="$s"/>
            </xsl:otherwise>
        </xsl:choose>
    </xsl:template>

    <xsl:template match="@*|node()">
        <xsl:apply-templates select="*"/>
    </xsl:template>

</xsl:transform>